Die Förderprüfung besteht aus den Phasen Vorbereitung, Durchführung und Nachbereitung. Die geprüften Unternehmen sind je nach Phase unterschiedlich stark involviert und zur Mitarbeit aufgefordert.
Für die Förderprüfung müssen die Fachprüfenden über die zu prüfende Maßnahme informiert sein. Dafür werden in der Vorbereitung verschiedene Schritte durch die beteiligten Institutionen vorgenommen.
Am Prüfungstag werden die Unterlagen gesichtet und die Durchführung der geförderten Maßnahme überprüft. Dafür muss das Unternehmen sicherstellen, dass die relevanten Personen anwesend sind.